提RNA具体步骤
一、组织研磨
准备材料:枪头和离心管均经过湿热灭菌,无RNA酶
取2 ml离心管,加入1 ml的Trizol Reagent(大概可吸出900 ul)。
取组织,加入到离心管中。每个离心管内(最好用圆底离心管)加3个氧化锆珠子(提蛋白是用钢珠)。预冷离心机(4 ℃)。
组织放入研磨仪,2个循环(或3个),充分研磨直至无可见组织块。
二、细胞裂解
将细胞取出,吸去培养基后放冰上,6 孔板每孔加1 ml Trizol,12孔板每孔加500 ul Trizol.
冰上100转左右摇15 min
准备新的1.5 ml EP管,放冰上预冷,将细胞刮下加至EP管。
如果时间允许,可以直接提RNA,否则可以-80 ℃冻存。
三、提取RNA
1. 研磨后的组织(裂解后的细胞)静置5 min后,于4 ℃ 下12000 g离心5 min。 (接下来的操作转至通风橱)
2. 将上清转移至新的1.5 ml离心管中。
3. 加200 μl(1/5 Trizol体积)氯仿,正反颠覆离心管15下,充分混匀,室温静置5 min。
于4 ℃下12000 g离心15 min。
将上清转移到新的离心管中,加500 μl(0.5 - 1倍Trizol体积)异丙醇,正反颠倒15下混匀(轻柔)。
室温静置10 min。
于4 ℃下12000 g离心10 min,管底的白色沉淀即为RNA。
吸去液体,加入1 ml (等Trizol体积)75%乙醇洗涤沉淀。(每管先轻轻靠壁加进去,再用200 μl枪吹打,直到沉淀表面的有机物看不到为止)。
于4 ℃下7500 g离心5 min。
液体吸除干净,将离心管置于超净台上吹10 min左右,直到沉淀变得透明或者半透明,几乎看不到为止。
加入40 μl DEPC水溶解RNA。(放冰上操作,DEPC在-4℃冰箱)。
Nanodrop测RNA浓度。机器使用前后要用ddH2O清洗3次。
根据所测RNA浓度,将每管都调至1000 ng/ml (或500 ng/ml )体系(加DEPC水(无核糖核酸酶的去离子水)稀释).
准备八联管,每孔取1 pg- 1 ng底物,加入4 μl 4×gDNA wiper Mix,补ddH20至体积为16 ul.
42 ℃,2 min,去除基因组DNA。
将样本冰上至通风橱,加4 ul 5×HiScript III qRT SuperMix,移液器轻轻吹打混匀。
37℃,15 min,85℃,5 s,反转录为cDNA。
-80度保存或立即用来做QPCR。
PS:
加入Trizol裂解 组织加入1ml 可以吸出大概900ul,或者略少于。
研磨组织不用使用无RNA/DNA酶的ep管,选择平底的2mlEP管(1.5ml难匀浆)。
3. 加氯仿,两块板夹着,快速上下颠倒混匀15下;加异丙醇,稍微轻一点上下颠倒混匀。
4. 取上清时,不要吸到沉淀,150ul吸2次多接近3次的量足够提取RNA。
5. 乙醇清洗沉淀前,吸取异丙醇,尽量吸干净,,沉淀贴壁牢固。在沉淀对侧底部吸取,上面可以吸的快点,接近沉淀最后一次吸的慢点。
6. 加入乙醇,沿壁加入,全部管打开,依次加入。
7. 200ul枪,沿着沉淀物对侧壁,沿壁吹动,能看沉淀物有油状物,轻轻吹吸,小心吸到沉淀物,吹的时候基本不会损伤。
8. 干燥时尽量等到变成半透明颜色,可减少有机物污染。等到沉淀变成半透明色再溶解。
9. 加入40ul depc水,一定记得混匀。
10.用中心实验室专用U盘考数据。